在饲料中加到益生菌需要将动物的肠道维持在一个身体健康的水平，还能减轻因各种原因再次发生的焦虑，提高动物的肉质品质，强化了动物消化道中的微生物新陈代谢活动，增加了产生臭味气味物质的消化等。人们一般来说通过喝酸奶来调节肠道菌群协助消化和吸取，动物某种程度必须益生菌协助他们消化饲料，借此吸取充足的营养。益生菌在畜牧生产上被称作微生物饲料添加剂。
通过研究加到在饲料中的益生菌具备五大益处。1.确保动物的肠道身体健康 益生菌抵抗病原微生物病毒感染的机制还包括产生有机酸、过氧化氢或抗菌物质、竞争营养素或融合位点、抗毒素起到、性刺激免疫系统。在饲粮中加到益生菌可以增加断奶仔猪呕吐的概率，并减少肠道中乳酸菌数量和有机酸的含量，从而增加大肠杆菌的定植。
在断奶仔猪饲粮中加到酵母菌能使肠道黏膜的巨噬细胞显著激增，强化仔猪对细菌感染的抵抗力。此外益生菌还可以增进畜禽肠道黏膜绒毛高度、绒毛高度／隐窝深度值的减少，使肠道维持身体健康增进营养物质的消化吸收提高饲料转化成效率。
并且可以减低断奶仔猪焦虑造成的肠道损毁、消化功能失调等等，增进小肠黏膜结构的完全恢复，减少小肠绒毛高度和隐窝深度，并且使肠壁黏液层厚度减少同时提高营养物质的消化吸收。另外加到益生菌还可以提升吃草量、结肠消化率和饲料转化率，提升断奶后5周的生长性能。2.减轻不当焦虑 热焦虑是目前影响动物生产性能的主要环境因素之一。过低的温度不会造成动物的生理机能发生变化和失调，展现出为吃草量上升、生长缓慢、抵抗力减少，情况严重的使死亡率减少，给养殖户导致较小的经济损失。
益生菌可以保持肉鸡的肠道菌群均衡从而影响下丘脑一垂体一肾上腺和下丘脑一垂体一甲状腺轴的活动，减少肾上腺皮质醇水平以减低炎症反应，强化机体体液免疫。研究结果表明热焦虑毁坏产蛋鸡肠道黏膜结构，减少肠道黏膜免疫系统水平，在每千克饲粮中加到1×10^7活菌单位的地衣芽孢杆菌可以明显改善热焦虑条件下肠道的黏膜结构，维持黏膜免疫反应，解决蛋鸡吃草量和产蛋率的上升。另外饲粮中加到益生菌可以减少肉鸡的水解受损从而减轻热焦虑对肉鸡的有利影响。
3.提高畜舍环境 益生菌强化了动物后段消化道中的微生物新陈代谢活动，增加排泄物的臭味气味并减少了使粪便分解成的微生物数量，强化了畜舍中粪便的分解成，因此益生菌需要提高畜舍的环境。4.提高畜禽肉质品质 益生菌通过调节其中脂肪酸的构成和胆固醇含量起着提高畜禽肉质的品质。日粮中加到益生菌可提升肉仔鸡腿肌和胸肌中不饱和脂肪酸与饱和脂肪酸的比例，减少蛋鸡的蛋黄中胆固醇和甘油三酯的含量并使其随粪便的排泄。
饲粮中加到地衣芽孢杆菌还不会影响到鸡蛋蛋壳厚度和蛋黄颜色。5.替代抗生素 益生菌通过营养调控来确保肠道身体健康和提高肠道功能，是抗生素十分有潜力的替代品。饲粮中加到乳酸菌可减少小肠内容物脲酶的活性，使肉仔鸡的减重效果好于加到氯代土霉素。
目前部分微生物饲料添加剂展现出出有了替代饲料中抗生素的极大潜力。饲料中加到益生菌有益无害，因此养殖户在出售饲料时可以细心想到配料表种否所含该成分。
同时对益生菌展开深入研究，使其能在养殖过程中充分发挥出有抗生素的起到。
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